20世紀のはじめ、ウェンディ、ジョン、マイケルが住むロンドンのダーリング家。おとぎの国ネバーランドに住む永遠の子ども・ピーターパンが忍び込み、子ども部屋で犬のナナに影を食いちぎられてしまう。そこで影を縫いつけてくれたお礼に、ピーターパンは3人をネバーランドに招待し、一緒にハラハラドキドキの冒険に飛び込んでいく。仲間たちと一緒にネバーランドの平和をかけ、力を合わせて悪者フック船長やダークネスたちとの戦いに勝利し、ウェンディたちはイギリスへと帰って行くのだった。